RIP測序

RIP-seq是以RNA 結合蛋白免疫沉淀(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay, RIP)為基礎,采用特異性抗體對RNA結合蛋白進行免疫共沉淀。沉淀后,分離RNA,通過高通量測序,在全轉錄組范圍內對細胞內RNA與蛋白結合情況進行分析。 RIP-seq可在全轉錄組范圍內揭示RNA分子與RBP相互作用,包括非編碼RNA與蛋白的互作。


應用領域
特定蛋白特異結合的RNA區域或種類
不同蛋白結合RNA種類差異分析
miRNA靶向調控基因


技術路線

分析內容

1.數據過濾與質量評估:測序質量評估、堿基組成與質量分析、過濾信息統計;
2.比對統計:比對核糖體、比對參考基因組、基因組測序深度分布、reads在染色體上的分布;
3.peak分析與注釋: peak calling、peak 富集倍數分布、peak 相關基因分析、peak在基因功能元件上的分布、Peak相關基因的GO/ KEGG功能富集分析、peak以及周邊基因結構的可視化;
4. motif分析檢測蛋白特異性結合位點;
5.多樣品間的差異分析:樣本關系分析、差異peak分析、差異peak相關基因GO/KEGG功能富集分析。


樣品要求
RIP捕獲的RNA>500ng,濃度>30ng/μL,OD260/280為1.8-2.0,OD260/230為1.5-1.8。


項目周期
標準流程完成時間為50個工作日。


參考文獻
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