轉錄組測序

轉錄組測序

轉錄組是指某個物種特定細胞或組織在某一狀態下所轉錄出來產生的所有轉錄本的集合。轉錄組為生命可續研究提供了全新的角度,可用于預測基因結構、可變剪切和其他轉錄修飾、并可定量測定每個轉錄本在生長過程中和不同的條件下的表達水平的變化。通過新一代高通量測序,能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或者器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息,已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

應用領域

樣本全轉錄本信息獲取
基因注釋及篩選
基因結構分析

技術路線

信息分析

1. 標準信息分析

  無參考基因組的轉錄組分析
(de novo)
有參考基因組的轉錄組分析
(with reference)
基本數據處理 圖像識別,堿基識別,測序接頭序列過濾,樣品污染可能性檢測(QC) 圖像識別,堿基識別,測序接頭序列過濾,樣品污染可能性檢測(QC)
生物信息分析 測序數據產量統計,數據成分和質量評估; Reads在基因組上的分布;
Unigene的長度分布,GO分類,功能注釋,代謝通路分析,表達差異分析; 測序深度分布,測序隨機性評估,基因差異表達分析;
差異表達的Unigene的GO和KEGG pathway富集分析 新基因預測,基因可變剪接鑒定,基因融合鑒定。

2. 高級信息分析
  a)  Unigene組裝及數據庫注釋結果統計
  b)  Unigene比對物種分布圖
  c)  Unigene CDS與近緣模式生物同源基因CDS比較分布圖
  d)  Unigene蛋白結構域分析
  e)  SNP及差異SNP分析(兩個以上的遺傳背景)
  f)   SSR(包含引物設計)及差異SSR分析(兩個以上的遺傳背景)
  g)  同源基因受選擇壓力(ka/ks)分析(不同遺傳背景的亞種或物種)
  h)  物種進化關系分析(需提供多個物種或者亞種)
  i)   可變剪切分析(有參考基因組的模式生物)
  j)   融合基因分析(有參考基因組的模式生物)
  k)  長鏈非編碼RNA(LncRNA)預測(有參考基因組的模式生物)
  l)   差異表達基因的聚類和熱圖分析(基因集可定制)
  m)  基因表達的主成分分析(尋找主效基因的統計方法)
  n)   基因差異表達的的趨勢分析及顯著趨勢的基因模塊的GO,KEGG富集分析(需多個樣品)
  o)   基因互作網絡分析(構建基因網絡,尋找節點基因)
  p)   貫穿分析(需同一樣品的不同水平數據,如跟sRNA測序結果關聯)
  q)   根據客戶需求可進行個性化分析,協商確定分析內容

樣品要求

樣品需求:動物樣品,總量≥10μg,濃度≥ 150 ng/μl;植物、真菌樣品,總量≥20μg,濃度≥ 250 ng/μl;原核生物,總量≥5ug,濃度≥65 ng/μl;
樣品純度:動物樣品, RIN ≥7,28S/18S≥1.0;植物、真菌樣品,RIN ≥6.5, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;原核生物, RIN ≥7, 23S/16S≥1.0, OD260/280≥1.8;
樣品請置于1.5 ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管,干冰運輸。

項目運轉周期

標準流程的運轉周期為45個工作日

參考文獻

  1. Michael D. Nodine & David P. Bartel. Maternal and paternal genomes contribute equally to the transcriptome of early plant. Embryos. Nature 482, 94–97 (02 February 2012) Wu S, Li RW, Li W, Li CJ.Transcriptome Characterization by RNA-seq Unravels the Mechanisms of Butyrate-Induced Epigenomic Regulation in Bovine Cells. PLoS One. 2012;7(5):e36940.
  2. Huang Q, Dong S, Fang C, Wu X, Ye T, Lin Y.Deep sequencing-based transcriptome profiling analysis of Oryzias melastigma exposed to PFOS.Aquat Toxicol. 2012 Apr 28;120-121C:54-58.
  3. Li C, Zhang Y, Wang R, Lu J, Nandi S, Mohanty S, Terhune J, Liu Z, Peatman E.RNA-seq analysis of mucosal immune responses reveals signatures of intestinal barrier disruption and pathogen entry following Edwardsiella ictaluri infection in channel catfish, Ictalurus punctatus.Fish Shellfish Immunol. 2012 May;32(5):816-27.
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