微生物Meta測序

16S rDNA序列(在所有物種中高度保守)是最常用的細菌分類標準,通過提取環境樣品的DNA,并擴增其中16S rDNA基因;通過檢測16S rDNA 序列的變異和豐度,反映環境樣本中細菌的分類和豐度。16S rDNA 有9個高變區,V6,V3,V4 區可以用來鑒定絕大多數細菌,基于Illumina HiSeq 2000平臺的16S rDNA測序可以將V6,V3,V4區正反向讀通,提供環境樣本物種分類,物種豐度,種群結構,系統進化,群落比較等諸多信息,在微生物分類鑒定,微生態研究方等面起到重要作用。

應用領域

環境微生物分類、豐度分析
環境微生物群體基因集構建

技術路線

分析內容

1. 標準信息分析
去除低質量,污染,引物序列,將PE reads拼接成Tag 等。
2. 高級信息分析
   a)  對unique tags 聚OTU,并進行物種注釋
   b)  單樣品復雜度的Alpha diversity分析
   c)  物種(或OTU)豐度分析
注:可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析服務內容。

樣品要求

樣品類型:PCR擴增產物;
樣品需求量:小片段文庫,≥ 4 μg(濃度≥30 ng/μl;純度OD260/280=1.8~2.0);
總樣品量需根據實驗策略,如建庫類型及建庫數量而定;

項目周期

根據不同樣品數和送樣時間不同周期不同,V6,V3,V4 區樣品,45個工作日。
注:分批送樣時間延長,樣本量大時間有延長幾個工作日。
完成標準:對每個樣品,產生不低于合同規定的Clean tags數量和Clean data數據量。

參考文獻

  1. Patrick D. Schloss, Dirk Gevers, Sarah L. WestcottReducing the Effects of PCR Amplification and Sequencing Artifacts on 16S rRNA-Based Studies. PLoS ONE 6(12): e27310 (2011)
  2. Ann L Griffen, Clifford J Beall, James H Campbell, Noah D Firestone, Purnima S Kumar, Zamin K Yang, Mircea Podar and Eugene J Leys. Distinct and complex bacterial profiles in human periodontitis and health revealed by 16S pyrosequencing. The ISME Journal (2012) 6, 1176–1185;
  3. Andrew J. Brent, Daisy Mugo, Robert Musyimi, Agnes Mutiso, Susan Morpeth, Michael Levin and J. Anthony G. Scott. Performance of the MGIT TBc Identification Test and Meta-Analysis of MPT64 Assays for Identification of the Mycobacterium tuberculosis Complex in Liquid Culture. J. Clin. Microbiol. December 2011 vol. 49 no. 12 4343-4346
  4. Huma Siddiqui, Alexander J Nederbragt, Karin Lagesen, Stig L Jeansson and Kjetill S Jakobsen. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiology 2011, 11:244
     
淑女派对免费试玩